يهدف برنامج حقوق المرأة إلى تمكين النساء الفقيرات والمهمشات في مصر اللائي يعانين من انتهاك الحقوق.

ويتركز التأثير إلى أنه مع  حلول عام 2025، ستستطيع النساء الفقيرات في مصر خاصة في صعيد مصر بالتمكين والتمتع بنوعية أفضل من الحياة بعد حصولهن على حقوقهن، ولتحقيق هذا الهدف، يعمل البرنامج مع الجهات المسؤولة في الحكومة والمجتمع المدني، بالإضافة إلى أصحاب الحقوق، والنساء أنفسهن، للتصدي للمواقف والسلوك التمييزي تجاه النساء والفتيات، وكذلك يعمل القائمين على البرنامج مع الجهات المسؤولة عن دعم دور المرأة لحماية حقوقها، وأيضًا مع النساء لتشجيعهن على فهم أهمية صوتهن، والمطالبة باستحقاقاتهن المشروعة.

ويعمل البرنامج على ثلاثة مجالات (الوكالة، العلاقات، الهيكلة)، وذلك من أجل تمكين النساء الفقيرات في مصر من اكتساب حقوقهن، من خلال تركيز الهيئة على بناء تقدير للمرأة وتعزيز ثقتها بنفسها، وبالفعل زادت أعداد النساء المستقلات ماليًا لتحقيق إمكانياتهن كأعضاء منتفعين ومسؤولي عن الدخل في أسرهن المعيشية والمجتمع.

علاوة على ذلك، عندما تكون علاقات القوى (الأسر) حساسة من ناحية النوع الاجتماعي، في الوقت نفسه الذي تعالج فيه جميع أشكال العنف القائم على النوع الاجتماعي داخل الأسرة وخارجها، وعندما تكون الهياكل (العادات أو القوانين الاجتماعية)، لاسيما في مجال الأحوال الشخصية، وإصلاح العنف الأسري، وتنفيذ ذلك، فيمكن تحقيق المساواة بين الجنسين.